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人類基因組計(jì)劃是我的生命—于軍

時(shí)間:2014-05-09 點(diǎn)擊數(shù):14788

        于軍,紐約大學(xué)醫(yī)學(xué)院生物醫(yī)學(xué)科學(xué)博士,師從臺(tái)灣中研院院士孫同天教授;博士后研究追隨美國(guó)“人類基因組計(jì)劃”的和設(shè)計(jì)者之一,基因組學(xué)家、美國(guó)科學(xué)院院士Maynard V.Olson。

 1993年,于軍參與“人類基因組計(jì)劃”這一里程碑式的偉大科學(xué)計(jì)劃,也成為早期參與計(jì)劃的華人,他在導(dǎo)師Maynard V.Olson的全力支持下,促成了科學(xué)家參與“人類基因組計(jì)劃”。

 日前,記者獲得了專訪于軍的機(jī)會(huì)。從下鄉(xiāng)知青到參與人類基因組計(jì)劃,從回國(guó)推動(dòng)基因組學(xué)研究到參與組建華大基因公司,于軍次向媒體披露往事。

 從知青到基因?qū)W者

 1978年,于軍被吉林大學(xué)化學(xué)系生物化學(xué)專業(yè)(5年制)錄取,自此,他5年“下鄉(xiāng)知青”的人生開始轉(zhuǎn)變。

 1983年,于軍畢業(yè)并考上了中科院生物物理所研究生,同時(shí)被推薦參考出國(guó)留學(xué)項(xiàng)目:康奈爾大學(xué)的吳瑞教授發(fā)起的CUSBEA(China-US Biology Examination and Application)。終,他獲得了這個(gè)到紐約大學(xué)醫(yī)學(xué)院攻讀生物醫(yī)學(xué)科學(xué)博士的機(jī)會(huì)。

 于軍到達(dá)紐約的那一年(1984年),正好遇上美國(guó)乃至的生物學(xué)界醞釀一件前所未有的大事—啟動(dòng)“人類基因組計(jì)劃”。這一計(jì)劃旨在測(cè)定人類基因組的全部DNA序列,一次性解決分子生物學(xué)家夢(mèng)寐以求的結(jié)果:了解人類所有與癌癥相關(guān)的基因。這是在美國(guó)總統(tǒng)尼克松提出“向癌癥開戰(zhàn)”近10年后,由一代具有遠(yuǎn)見卓識(shí)的科學(xué)家們推動(dòng)下發(fā)起實(shí)施的。

 從那時(shí)起,“人類基因組計(jì)劃”成了于軍科學(xué)生涯關(guān)注的焦點(diǎn),“它的產(chǎn)生過程、規(guī)模、進(jìn)展、動(dòng)向等一直就是我的呼吸和生命。”于軍說。

 1990年,于軍完成學(xué)業(yè),并獲全美泌尿科疾病研究協(xié)會(huì)“博士學(xué)者基金”,留在紐約大學(xué)醫(yī)學(xué)院任研究助理教授。

 1992年的一天,Maynard V.Olson博士親自來到紐約大學(xué),請(qǐng)于軍到他的實(shí)驗(yàn)室參與共同建立“人類基因組計(jì)劃”所需要的關(guān)鍵技術(shù),并領(lǐng)導(dǎo)具體研發(fā)和實(shí)驗(yàn)工作。于軍欣然接受,放棄了幾個(gè)其他高校和科研單位更優(yōu)惠的承諾和待遇。

 1993年,于軍辭去在紐約大學(xué)醫(yī)學(xué)院的研究助理教授職位,加入了以Maynard V.Olson實(shí)驗(yàn)室為主體組成的“華盛頓大學(xué)基因組研究中心”。“人類基因組計(jì)劃”的實(shí)際操作就從初的十幾個(gè)實(shí)驗(yàn)室開始,進(jìn)而走向規(guī)模化。

 于軍延續(xù)了Olson的物理圖譜制作原理,與來自計(jì)算機(jī)、物理和數(shù)學(xué)領(lǐng)域的幾位博士同事共同創(chuàng)立了當(dāng)時(shí)上嚴(yán)謹(jǐn)、、系統(tǒng)的基因組物理圖譜制作方法—多酶完全水解物理圖譜,還將其用于規(guī)?;锢韴D譜制作,并為基于克隆的DNA測(cè)序提供直接材料。

 不久,于軍又開始生物信息學(xué)研究,在數(shù)據(jù)獲取和分析的實(shí)際工作中逐漸認(rèn)識(shí)到了基因組學(xué)作為一門大科學(xué)、大學(xué)科的真正含義。

 基因組學(xué)先是一門大科學(xué)。它的復(fù)雜性和對(duì)新技術(shù)的要求,要求很強(qiáng)的團(tuán)隊(duì)合作精神和不同領(lǐng)域科學(xué)家的共同努力。它的信息含量(人類基因組含30億信息符號(hào)),需要規(guī)?;⒏咚俣冉庾x;它的統(tǒng)一性(每個(gè)生命都有其特定的基因組)和它的特殊性(每個(gè)生命都有它的基因組)決定了它成為生命科學(xué)研究的基礎(chǔ)或基本生物信息。

 談及基因組學(xué)的“大”,于軍解釋,在基因組水平,有數(shù)以百萬計(jì)的真核生物物種和數(shù)以千萬計(jì)的原核生物物種要測(cè)序,還有每一個(gè)人類個(gè)體—個(gè)性化醫(yī)療的基本數(shù)據(jù)—基因組要測(cè)序;在表觀組學(xué)(epigenomic;脫氧核糖核酸、染色體結(jié)構(gòu)與功能的解讀)和核算組學(xué)(ribogenomics;核糖核酸與功能的解讀)水平,每一個(gè)不同細(xì)胞也要測(cè)序(人體有約1013個(gè)細(xì)胞)。

 據(jù)介紹,基因組學(xué)的基本定律和科學(xué)發(fā)現(xiàn)將從根本上改變生命科學(xué)諸多學(xué)科的研究方法和策略,在未來的幾十年里它的意義將逐漸被科學(xué)家及大眾所認(rèn)知和理解。包羅萬象的生命,決定了基因組的復(fù)雜性;基因組信息的系統(tǒng)性,決定了生命科學(xué)研究的系統(tǒng)性。

 隨著科學(xué)技術(shù)飛速發(fā)展,啟動(dòng)“人類基因組計(jì)劃”的時(shí)間日益臨近。

 “1984年我剛到美國(guó)時(shí),一個(gè)博士候選人要用近一年時(shí)間來解讀2000個(gè)堿基對(duì);而兩年后,一年就可以測(cè)2萬個(gè)堿基對(duì)了。”于軍說。1993年,自動(dòng)化基因測(cè)序儀誕生,推動(dòng)“人類基因組計(jì)劃”進(jìn)入了實(shí)質(zhì)性的運(yùn)作階段。

 早期,法國(guó)、日本、德國(guó)等都積參與了由美國(guó)和英國(guó)啟動(dòng)的“人類基因組計(jì)劃”。英國(guó)積包攬了1號(hào)染色體的測(cè)序,這是人類基因組zui大的一條染色體。法國(guó)科學(xué)家參與這項(xiàng)計(jì)劃時(shí),為了籌集項(xiàng)目資金,曾通過電視宣稱此項(xiàng)計(jì)劃對(duì)人類的重大意義,并直接向民眾募集資金。

 奠基基因?qū)W研究

 “人類基因組計(jì)劃”進(jìn)程之快,出乎所有人預(yù)料。短短幾年里,酵母的基因組被解讀,線蟲的基因組被解讀,果蠅的基因組被解讀,擬南芥的基因組被解讀……更多的基因組則正在進(jìn)入作業(yè)線。小鼠、大鼠、水稻、玉米等大型基因組也緊接著被列入和企業(yè)的基因組測(cè)序計(jì)劃。

 的科學(xué)家將如何面對(duì)這一新的發(fā)展領(lǐng)域?要不要參與“人類基因組計(jì)劃”?要不要建立基因組學(xué)技術(shù)平臺(tái)?的基因組研究計(jì)劃是什么?—這些問題一直在于軍的腦海中揮之不去。

 “我的老師Maynard V.Olson一直支持我把所學(xué)的東西帶回,推動(dòng)基因組學(xué)研究的發(fā)展。在他的心中,科學(xué)沒有國(guó)界,科學(xué)研究的目標(biāo)是造福全人類。”于軍說。

 1997年,于軍應(yīng)邀參加了在湖南張家界(000430,股吧)召開的由遺傳學(xué)學(xué)會(huì)青年委員會(huì)組織的遺傳學(xué)研討會(huì),向的遺傳學(xué)界同行詳細(xì)地介紹了“人類基因組計(jì)劃”的進(jìn)展和前景。

 1998年,于軍接受時(shí)任遺傳發(fā)育所所長(zhǎng)的陳受宜和副所長(zhǎng)朱立煌的邀請(qǐng),回到他的“娘家”—科學(xué)院,應(yīng)邀擔(dān)任中科院遺傳所人類基因組研究中心副主任。

 同年,于軍開始為基因組學(xué)研究培養(yǎng)人才,并積協(xié)調(diào)在“人類基因組計(jì)劃”已經(jīng)分配完的任務(wù)中“勻”給一小部分。終,他以測(cè)定鼻咽癌易感基因的名義,向美國(guó)負(fù)責(zé)3號(hào)染色體測(cè)序的Richard A. Gibbs要了短臂末端的30兆(30 Mb)堿基,也就是人類基因組測(cè)序工作的1%??茖W(xué)家們由此接到了真正的任務(wù),為正式參加這一計(jì)劃鋪平了道路。

 1999年,“華大基因”(BGI)成立。同年,項(xiàng)目組接到了一批11臺(tái)DNA測(cè)序儀,真正啟動(dòng)的“人類基因組計(jì)劃”的“武器”到位。當(dāng)11輛大卡車?yán)鴻C(jī)器緩緩駛進(jìn)位于北京空港開發(fā)區(qū)B區(qū)的“華大基因”,實(shí)驗(yàn)室里一片沸騰。

 2003年,于軍代表科學(xué)家參加了在美國(guó)都華盛頓舉行的慶祝儀式,與美國(guó)、英國(guó)、法國(guó)、德國(guó)、日本等國(guó)的科學(xué)家一道,為共同完成“人類基因組計(jì)劃”而激動(dòng)和歡呼。此時(shí),距離1953年美國(guó)科學(xué)家James D.Watson發(fā)布DNA雙螺旋模型已經(jīng)過去了整整半個(gè)世紀(jì)。

 結(jié)緣華大基因

 1993年,于軍將全家從紐約搬到西雅圖時(shí),與在華盛頓大學(xué)做博士后研究的汪建相識(shí)。此后,汪建回國(guó)和朋友創(chuàng)立了臨床檢測(cè)試劑公司GBI。于軍將“人類基因組計(jì)劃”帶回的想法得了汪建的全力支持。于軍在尋求合作者時(shí)又通過汪建認(rèn)識(shí)了時(shí)在丹麥工作的楊煥明。楊煥明的研究方向是人類遺傳學(xué),有利于回國(guó)后的學(xué)術(shù)對(duì)接和科學(xué)普及。

 1998年,楊煥明、于軍與汪建在中科院遺傳所成立了人類基因研究中心并出任中心的正、副主任。來自中外的200多位科學(xué)家參加了科學(xué)院遺傳所基因組中心的揭牌儀式。鼓勵(lì)于軍把所學(xué)帶回的Maynard V.Olson也參加了這次揭牌儀式。美國(guó)《科學(xué)》雜志還發(fā)出了基因組中心成立的消息并刊載了照片,稱這是一支潛在的基因組學(xué)研究力量??茖W(xué)院和遺傳所對(duì)“人類基因組計(jì)劃”項(xiàng)目也給予了快和可能的支持:“院長(zhǎng)基金”和“所長(zhǎng)基金”。

 但當(dāng)時(shí)體制仍無法滿足完成人類基因組計(jì)劃部分所需要的資金和人員。為了解決這個(gè)問題,1999年9月9日,楊煥明、汪建和于軍三人組建了華大基因。從此,華大基因成為了基因組研究除中科院之外的另一個(gè)平臺(tái),并發(fā)展壯大至今。

 目前華大基因在基因測(cè)序工作規(guī)模方面已經(jīng)成為一,被稱譽(yù)為基因測(cè)序領(lǐng)域的“富士康”。于軍在華盛頓大學(xué)基因組研究中心培養(yǎng)的那批科研人員至今仍是華大基因的骨干力量。

 公司制的華大基因?yàn)榱送瓿煽蒲泄ぷ?,不僅依靠中科院的傳統(tǒng)體制申請(qǐng)科研資金支持,還聯(lián)合其他科研院所、地方政府、各大高校等機(jī)構(gòu),以獲得科研資金的支持。華大基因分別在北京空港科技創(chuàng)業(yè)園和杭州組建了南、北“華大基因”,一同完成了“1%”的人類基因組測(cè)序計(jì)劃,也完成了水稻和家蠶等基因組計(jì)劃。這些成就的取得無疑與楊煥明、于軍和汪建的緊密合作息息相關(guān)。

 2008年,華大基因獲深圳市政府的邀請(qǐng),遷址深圳鹽田區(qū),開始向產(chǎn)業(yè)化、規(guī)?;l(fā)展。不過,于軍沒有“隨軍南下”,原因是他覺得自己是中科院培養(yǎng)的留學(xué)生,更想把所學(xué)和精力交還給“娘家”中科院,更愿意留在中科院從事基礎(chǔ)研究和教育工作。

 從1998年回國(guó)工作后,于軍先后主持了“人類基因組計(jì)劃北京部分(1%計(jì)劃,任科學(xué)家)”、“雜交水稻基因組計(jì)劃”(1999年啟動(dòng))、“家蠶基因組計(jì)劃”、“雞基因組多態(tài)性研究計(jì)劃”等多項(xiàng)大型基因組研究計(jì)劃,提出了一系列基因組學(xué)的新概念和系統(tǒng)理論,為的基因組學(xué)的起步和發(fā)展奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ),也確立了基因組學(xué)研究在上的地位。

 2003年,于軍等受中科院之托,組建了科學(xué)院北京基因組研究所。

 推動(dòng)基因測(cè)序儀國(guó)產(chǎn)化

 “工欲善其事,必先利其器。”眾多基因組基礎(chǔ)研究歸于技術(shù)、方法和工具的開發(fā),其中主要的是DNA測(cè)序儀和計(jì)算機(jī)。

 測(cè)序儀的發(fā)展推動(dòng)基因組學(xué)研究向應(yīng)用方向發(fā)展,人類基因測(cè)序的速度和費(fèi)用都實(shí)現(xiàn)顯著優(yōu)化。“人類基因組計(jì)劃”的初預(yù)算是30億美元—等于每一個(gè)核苷酸的測(cè)定就要花1美元。隨著測(cè)序技術(shù)的更新和發(fā)展,一個(gè)人類基因組的測(cè)序價(jià)格從2006年的1億美元降到2008年的100萬美元。由于各類“下一代”測(cè)序儀的問世,測(cè)定一個(gè)人的基因組已經(jīng)到了今天的1000美元左右。然而,還是沒有自己的測(cè)序儀,精通這一技術(shù)的于軍一直在耿耿于懷。

 于軍對(duì)測(cè)序儀的研究始于2008年與中科院半導(dǎo)體所時(shí)任副所長(zhǎng)俞育德的合作。后來半導(dǎo)體所經(jīng)“千人計(jì)劃”引進(jìn)的周曉光博士的加盟更加速了合作進(jìn)程。在科學(xué)院500余萬元項(xiàng)目的資助下,于軍的團(tuán)隊(duì)就在短短的3年里研制出一臺(tái)實(shí)驗(yàn)室樣機(jī)。兩年后,生產(chǎn)型也問世,并將成果成功地轉(zhuǎn)讓給了企業(yè)。

 在第二代和第三代(單分子)DNA測(cè)序儀的研發(fā)上于軍頗有信心。他說,目前的測(cè)序儀都各有優(yōu)缺點(diǎn),不能完全互相取代,只能是既競(jìng)爭(zhēng),又相輔相成,為新儀器的研發(fā)提供了的土壤。

 于軍半開玩笑地說:“如果幾年前再能得到科學(xué)院以外的一點(diǎn)支持的話,我們?cè)缇陀蒙献约旱膬x器了,關(guān)鍵是我們自己人也不相信我們能夠做出自己的測(cè)序儀來。”于軍遺憾其團(tuán)隊(duì)沒有得到足夠的支持,很多好的想法“胎死腹中”。

 談到未來,于軍非常樂觀。他師從細(xì)胞生物學(xué)大家—臺(tái)灣中研院院士孫同天教授10年,同時(shí)也尋求突破和開辟新的研究領(lǐng)域,并大步走進(jìn)分子生物學(xué)。而后,又師承“人類基因組計(jì)劃”的“設(shè)計(jì)師”Olson博士十?dāng)?shù)載,從技術(shù)到科學(xué),走進(jìn)基因組學(xué)與生物信息學(xué)?;貒?guó)后,他開啟了表型可塑性研究從鹵蟲到雜交水稻,重回細(xì)胞生物學(xué),提出“五流同悟” (將基因組生物學(xué)分為信息流、操作流、分室流、平衡流和可塑流,并建議五流平行思考和研究),貫通生命科學(xué)的信息、物質(zhì)、操作、分層與行為,理解生命的發(fā)生、傳承和變演。在不斷創(chuàng)新技術(shù)和思想的基礎(chǔ)上,他已經(jīng)將實(shí)驗(yàn)室的研究手段推向單細(xì)胞和單分子,研究細(xì)胞的異質(zhì)性—遺傳因素不變時(shí),真核與原核細(xì)胞的個(gè)體育群體行為。

 于軍的夢(mèng)想是在啟動(dòng)一個(gè)與“人類基因組計(jì)劃”相當(dāng)規(guī)模的大科學(xué)項(xiàng)目,即“哺乳動(dòng)物表觀-核算組計(jì)劃”,并以此來帶動(dòng)科學(xué)的高速發(fā)展和生命科學(xué)的新研究方向。這個(gè)計(jì)劃的目的是解讀生命“操作流”的信息和分子機(jī)制。這部分機(jī)制是由DNA、RNA和蛋白質(zhì)等共同參與,但是沒有簡(jiǎn)單地記錄DNA序列里面。他說,解讀“可塑流”的項(xiàng)目正在醞釀,比如認(rèn)知可塑性的規(guī)?;芯繉⒂赡X“連接組”開始。

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