顯微鏡的種類有很多，常見的有：光學(xué)顯微鏡、電子顯微鏡、探針顯微鏡等。

光學(xué)顯微鏡又有多種分類方法：按使用目鏡的數(shù)目可分為雙目和單目顯微鏡；

按圖像是否有立體感可分為立體顯微鏡和非立體視覺顯微鏡；

按觀察對像可分為生物和金相顯微鏡等；

按光學(xué)原理可分為偏光，相襯和微差干涉對比顯微鏡等；

按光源類型可分為普通光、熒光、紅外光和激光顯微鏡等；

按接收器類型可分為目視、攝影和視頻顯微鏡等。

電子顯微鏡又可分為掃描電子顯微鏡、透射電子顯微鏡等。

探針顯微鏡，產(chǎn)品又包括掃描隧道顯微鏡、原子力顯微鏡、橫向力顯微鏡等。

金相顯微鏡：

金相顯微鏡主要用于鑒定和分析金屬內(nèi)部結(jié)構(gòu)組織，它是金屬學(xué)研究金相的重要儀器，是工業(yè)部門鑒定產(chǎn)品質(zhì)量的關(guān)鍵設(shè)備，該儀器配用攝像裝置，可攝取金相圖譜，并對圖譜進行測量分析，對圖象進行編輯、輸出、存儲、管理等功能。

主要特點：用于觀察不透明金屬，礦石等。根據(jù)金屬樣品表面上不同組織組成物的光反射特征，用顯微鏡在可見光范圍內(nèi)對這些組織組成物進行光學(xué)研究并定性和定量描述。

偏光顯微鏡

偏光顯微鏡：用于研究所謂透明與不透明各向異性材料的一種顯微鏡。（單折射性與雙折射性：光線通過某一物質(zhì)時，如光的性質(zhì)和進路不因照射方向而改變，這種物質(zhì)在光學(xué)上就具有“各向同性”，又稱單折射體，如普通氣體、液體以及非結(jié)晶性固體；若光線通過另一物質(zhì)時，光的速度、折射率、吸收性和偏振、振幅等因照射方向而有不同，這種物質(zhì)在光學(xué)上則具有“各向異性”，又稱雙折射體，如晶體、纖維等。）

注：偏光顯微鏡偏光顯微鏡被廣泛地應(yīng)用在礦物、化學(xué)等領(lǐng)域。在生物學(xué)中，很多結(jié)構(gòu)也具有雙折射性，這就需要利用偏光顯微鏡加以區(qū)分。在植物學(xué)方面，如鑒別纖維、染色體、紡錘絲、淀粉粒、細胞壁以及細胞質(zhì)與組織中是否含有晶體等。在植物病理上，病菌的入侵，常引起組織內(nèi)化學(xué)性質(zhì)的改變，可以偏光顯微術(shù)進行鑒別。在人體及動物學(xué)方面，常利用偏光顯微術(shù)來鑒別骨骷、牙齒、膽固醇、神經(jīng)纖維、腫瘤細胞、橫紋肌和毛發(fā)等。

偏光顯微鏡重要的部件是偏光裝置——起偏器和檢偏器。過去兩者均為尼科爾(Nicola)棱鏡組成，它是由天然的方解石制作而成，但由于受到晶體體積較大的限制，難以取得較大面積的偏振，近來偏光顯微鏡則采用人造偏振鏡來代替尼科爾梭鏡。 人造偏振鏡是以硫酸喹啉又名Herapathite的晶體制作而成，呈綠橄欖色。當(dāng)普通光通過它后，就能獲得只在一直線上振動的直線偏振光。 偏光顯微鏡有兩個偏振鏡，一個裝置在光源與被檢物體之間的叫“起偏鏡”（獲得偏振光）；另一個裝置在物鏡與目鏡之間的叫“檢偏鏡”（檢測偏振光）。

正交檢偏位下的雙折射體：在正交的情況下，視場是黑暗的，如果被檢物體在光學(xué)上表現(xiàn)為各向同性（單折射體），無論怎樣旋轉(zhuǎn)載物臺，視場仍為黑暗，這是因為起偏鏡所形成的線偏振光的振動方向不發(fā)生變化，仍然與檢偏鏡的振動方向互相垂直的緣故。若被檢物體具有雙折射特性或 含有具雙折射特性的物質(zhì)，則具雙折射特性的地方視場變亮，這是因為從起偏鏡射出的直線偏振光進入雙折射體后，產(chǎn)生振動方向不同的兩種直線偏振光，當(dāng)這兩種光通過檢偏鏡時，由于另一束光并不與檢偏鏡偏振方向正交，可透過檢偏鏡，就能使人眼看到明亮的象。光線通過雙折射體時，所形成兩種偏振光的振動方向，依物體的種類而有不同。

體視顯微鏡：

體視顯微鏡的光學(xué)結(jié)構(gòu)是由一個共用的初級物鏡，對物體成象后的兩光束被兩組中間物鏡--變焦鏡分開，它是利用雙通道光路，雙目鏡筒中的左右兩光束不是平行，而是具有一定的夾角，為左右兩眼提供一個具有立體感的圖像，并成一體視角再經(jīng)各自的目鏡成象，它的倍率變化是由改變中間鏡組之間的距離而獲得的，因此又稱為"連續(xù)變倍體視顯微鏡。
體視顯微鏡是擁有立體視覺的顯微鏡，又可稱為實體顯微鏡、立體顯微鏡或解剖顯微鏡。儀器可對包括透光、半透光物體的表面形態(tài)或外形輪廓等進行顯微立體成像檢測研究。
 用于教學(xué)示范，生物解剖，觀察分析，電子和機械工業(yè)零件的裝配和檢驗等

熒光顯微鏡：

熒光顯微鏡是利用一個高發(fā)光效率的點光源，經(jīng)過濾色系統(tǒng)發(fā)出一定波長的光(如紫外光3650入或紫藍光4200入)作為激發(fā)光、激發(fā)標本內(nèi)的熒光物質(zhì)發(fā)射出各種不同顏色的熒光后，再通過物鏡和目鏡的放大進行觀察。

1.透射式熒光顯微鏡: 激發(fā)光源是通過聚光鏡穿過標本材料來激發(fā)熒光的。常用暗視野集光器，也可用普通集光器，調(diào)節(jié)反光鏡使激發(fā)光轉(zhuǎn)射和旁射到標本上.這是比較舊式的熒光顯微鏡。其優(yōu)點是低倍鏡時熒光強，而缺點是隨放大倍數(shù)增加其熒光減弱.所以對觀察較大的標本材料較好。（只可用于透光標本）

2.落射式熒光顯微鏡這是近代發(fā)展起來的新式熒光顯微鏡，與上不同處是激發(fā)光從物鏡向下落射到標本表面，即用同一物鏡作為照明聚光器和收集熒光的物鏡。光路中需加上一個雙色束分離器，它與光鈾呈45度角，激發(fā)光被反射到物鏡中，并聚集在樣品上，樣品所產(chǎn)生的熒光以及由物鏡透鏡表面、蓋玻片表面反射的激發(fā)光同時進入物鏡，反回到雙色束分離器，使激發(fā)光和熒光分開，殘余激發(fā)光再被阻斷濾片吸收。如換用不同的激發(fā)濾片/雙色束分離器/阻斷濾片的組合插塊，可滿足不同熒光反應(yīng)產(chǎn)物的需要。此種熒光顯微鏡的優(yōu)點是視野照明均勻，成像清晰，放大倍數(shù)愈大熒光愈強。（可廣泛用于透光和不透光標本）

主要用于細胞結(jié)構(gòu)和功能以及化學(xué)成分等的研究。熒光顯微鏡的基本構(gòu)造是由普通光學(xué)顯微鏡加上一些附件(如熒光光源 、激發(fā)濾片、雙色束分離器和阻斷濾片等)的基礎(chǔ)上組成的。一般都用高強度的汞燈做激發(fā)光源。

相襯顯微鏡：

相襯顯微鏡是一種特殊的顯微鏡，特別適用于觀察具有很高透明度的對象，例如生物切片、油膜和位相光柵等等。光波通過這些物體，往往只改變?nèi)肷涔獠ǖ奈幌喽桓淖內(nèi)肷涔獠ǖ脑龇?，由于人眼及所有能量檢測器只能辨別光波強度上的差別，也即振幅上的差別，而不能辨別位相的變化，因此用普通顯微鏡是難以觀察到這些物體的。透明度很高的物體，也稱為位相物體。相襯法（也叫位相反襯法）是通過空間濾波器將物體的位相信息轉(zhuǎn)換為相應(yīng)的振幅信息，從而大大提高透明物體的可分辨性。（位相：位置，厚度，形狀等；振幅：光強，亮度）。

倒置顯微鏡：

倒置顯微鏡的組成和普通顯微鏡一樣，只不過物鏡與照明系統(tǒng)顛倒，前者在載物臺之下，后者在載物臺之上，用于觀察培養(yǎng)的活細胞，具有相差物鏡。倒置顯微鏡和放大鏡起著同樣的作用，就是把近處的微小物體成一放大的像，以供人眼觀察。只是顯微鏡比放大鏡可以具有更高的放大率而已。物體位于物鏡前方，離開物鏡的距離大于物鏡的焦距，但小于兩倍物鏡焦距。所不同的只是眼睛通過目鏡所看到的不是物體本身，而是物體被物鏡所成的已經(jīng)放大了一次的倒置顯微鏡的構(gòu)造主要分為三部分：機械部分、照明部分和光學(xué)部分。

用于微生物、細胞、細菌、組織培養(yǎng)、懸浮體、沉淀物等的觀察，可連續(xù)觀察細胞、細菌等在培養(yǎng)液中繁殖分裂的過程，并可將此過程中的任一形態(tài)拍攝下來。在細胞學(xué)、寄生蟲學(xué)、腫瘤學(xué)、免疫學(xué)、遺傳工程學(xué)、工業(yè)微生物學(xué)、植物學(xué)等領(lǐng)域中應(yīng)用廣泛。　　

判斷選擇常用顯微鏡

先判斷研究對象：金屬礦物---金相顯微鏡，其他生物顯微鏡

其次是否需要觀察具有立體感，是選擇體視顯微鏡，其他選擇非體視

如觀察高度透明的樣品，選擇相襯顯微鏡。判斷細胞組織是否含有晶體，是否病變?nèi)肭?，骨骼，牙齒等或礦石純度等選擇偏光顯微鏡

對細胞結(jié)構(gòu)或化學(xué)成分研究一般使用熒光顯微鏡

倒置顯微鏡主要用于活體的觀測